コールとライリーの２人の関係が行き詰まる中、２人は12モンキーズを追うために1944年の第二次世界大戦の時代に向かうことになる。そしてついに真っ赤な森が2044年におとずれる・・・。

ウイルスが発生してしまう最初の原因であるジェニファーをライリーは止め、ジェニファーがばらまこうとしていたウイルスを燃やした。 時間軸が変わり、歴史は変わった。しかし、まだ疫病を食い止めることはできていなかった。

時は2016年、ラムダを救ったコールはラムダと崩れた友情は修復されていた。2043年では、マシーンが12モンキーズに奪われ、ライリーがディーコンを味方につけ、マシーンを奪還しようとしていた。

2043年に人類は驚異的な疫病が原因でほぼ滅亡してしまう。その疫病の原因を突き止めるべく主人公コールはタイムマシーンによって過去の2015年におくられ、任務を全うしていく。